Esistono due tipi di microscopi a fluorescenza in termini di percorso ottico
1. Microscopio a fluorescenza a trasmissione: la sorgente luminosa di eccitazione viene fatta passare attraverso il materiale del campione attraverso una lente di condensazione per eccitare la fluorescenza. Viene comunemente utilizzato un collettore di campo oscuro e un normale collettore può essere utilizzato anche per regolare lo specchio in modo che la luce di eccitazione venga reindirizzata e bypassata al campione. Questo è un vecchio microscopio a fluorescenza. Il vantaggio è che la fluorescenza è forte a basso ingrandimento, ma lo svantaggio è che la fluorescenza diminuisce con l'aumentare dell'ingrandimento. Pertanto, è meglio osservare materiali campione più grandi.
2. Il microscopio a epifluorescenza è un nuovo tipo di microscopio a fluorescenza sviluppato nei tempi moderni. La differenza è che la luce di eccitazione cade dalla lente dell'obiettivo fino alla superficie del campione, cioè la stessa lente dell'obiettivo viene utilizzata come condensatore di illuminazione e lente dell'obiettivo per raccogliere la fluorescenza. È necessario aggiungere un divisore di raggio dicroico nel percorso della luce, che si trova a 45 gradi di distanza dall'uranio leggero. La luce di eccitazione viene riflessa nella lente dell'obiettivo e raccolta sul campione. La fluorescenza generata dal campione e la luce di eccitazione riflessa dalla superficie della lente dell'obiettivo e dalla superficie del vetro di copertura entrano contemporaneamente nella lente dell'obiettivo e ritornano allo splitter del fascio bicolore per rendere la luce di eccitazione separata dalla fluorescenza , la luce di eccitazione residua viene assorbita bloccando i filtri. Come il passaggio a una combinazione di diversi filtri di eccitazione/divisore del fascio bicolore/filtro di blocco, può soddisfare le esigenze di diversi prodotti di reazione fluorescenti. Il vantaggio di questo tipo di microscopio a fluorescenza è che l'illuminazione del campo visivo è uniforme, l'immagine è chiara e maggiore è l'ingrandimento, più forte è la fluorescenza.
