Esistono due tipi di microscopi a fluorescenza in termini di percorsi ottici:
1. Microscopio a fluorescenza a trasmissione: la sorgente luminosa di eccitazione viene utilizzata per eccitare la fluorescenza facendo passare il materiale del campione attraverso una lente condensatrice. È possibile utilizzare anche i concentratori di campo scuro comunemente utilizzati e i concentratori ordinari possono essere utilizzati per regolare il riflettore in modo da reindirizzare e lobo lateralmente la luce di eccitazione sul campione. Questo è un microscopio a fluorescenza relativamente vecchio-stile. Il suo vantaggio è una forte fluorescenza a basso ingrandimento, ma lo svantaggio è che la sua fluorescenza diminuisce con l'aumentare dell'ingrandimento. Pertanto, è meglio osservare campioni di materiali più grandi.
2. Il microscopio a fluorescenza a luce cadente è un nuovo tipo di microscopio a fluorescenza sviluppato nei tempi moderni. A differenza di quanto sopra, la luce di eccitazione cade dalla lente dell'obiettivo verso il basso sulla superficie del campione, utilizzando la stessa lente dell'obiettivo come condensatore di illuminazione e la lente dell'obiettivo per raccogliere la fluorescenza. È necessario aggiungere un divisore di raggio bicolore al percorso ottico, che è a 45 gradi di distanza dall'uranio leggero. Angolo, la luce di eccitazione viene riflessa nella lente dell'obiettivo e focalizzata sul campione. La fluorescenza generata dal campione, così come la luce di eccitazione riflessa dalla superficie della lente dell'obiettivo e del vetro di copertura, entrano nella lente dell'obiettivo e ritornano al divisore di fascio a doppio colore, separando la luce di eccitazione e la fluorescenza. La luce di eccitazione residua viene quindi assorbita dal filtro di bloccaggio. Se vengono utilizzate diverse combinazioni di filtri di eccitazione/separatori di fasci a doppio colore/filtri di blocco, possono soddisfare le esigenze di diversi prodotti di reazione fluorescente. I vantaggi di questo microscopio a fluorescenza sono l'illuminazione uniforme del campo, l'immagine chiara e una fluorescenza più forte con un ingrandimento maggiore.
